Mest is er in vloeibare en vaste vorm. In Bonsai wordt de voorkeur gegeven aan organische mest boven chemische mest. Dit omdat organische mest minder agressief is en beter te doseren en controleren.
De vloeibare mest wordt vaak in voor- en naseizoen gegeven en tussentijds als aanvulling op de vaste mest.
Ook is er mest die gebruikt wordt om een specifiek doel na te streven. Zo is Matsu alg een aanvullende mest om te voorzien in alle mineralen die een bonsai nodig heeft.
Soms hebben bomen specifieke eisen t.a.v. mest. Zoals bijvoorbeeld dennen of azalea’s.